Pues parece que con el primer archivo de manny2008 funciona, consigo tener agua transparente sin tener que poner el "r_novis"
Yo tampoco pude con la versión 1.4.
Realmente da igual en donde lo descomprimes, solo hay que especificar en donde tenéis la carpeta del quake (si tenéis el ID1 en la sd es indicar la unidad solo, tal que "E:") y escribir 'y' para que os sobreescriba los pak.
El proceso tiene que tardar los suyo, unos cuantos minutos, (seguramente más si lo hacéis desde la sd) y mostrar todos los mapas que se procesan, que es lo que me mosqueaba con el de la versión 1.4, que salía casi instantáneamente sin decir nada.
En cualquier caso, si aún así no os tira, siempre se puede crear un archivo llamado autoexec.cfg dentro de la carpeta ID1 y poner la linea "r_novis 1".
El comando este desactivará los cálculos de visibilidad haciendo el juego bastante más lento y si, podía ser un desastre con un Pentium a 75 Mhz, pero a estas alturas del partido, hasta la wii ni se inmuta.
Adicionalmente podéis poner "r_wateralpha 0.7" siendo 0.7 la visibilidad del agua, donde 0 es completamente transparente y 1 completamente opaco.
Esto os puede servir para cuando uséis mods que no tienen parches de visibilidad para el agua.
EDITO: Parece que hablé antes de tiempo. El glquake si se ve transparente y va de fabula, pero parece que la versión wii no se lo come y falla tras cargar un nivel, como le pasa a africa.
Suerte que hice un backup de los pak, así que a tirar del r_novis