Casi seguro que se puede actualizar desde 3.41, pero yo por seguridad actualizaría primero a OFW 3.55 porque la mayoría de las pruebas se han hecho sobre 3.55.
Y con respecto a la carpeta Install Package files, cuando incias la consola pulsas en la carpeta App_home y automáticamente se convierte en Install Package Files, supongo que Rogero lo ha implementado así para evitar toquetear demasiado el OFW 4.30 que al final se traduce en problemas.