El ejecutable del ffmpeg, el ffmpeg.exe, esta dentro de la carpeta bin, el resto de carpetas se pueden borrar.
Funciona por linea de comandos, es decir, si picais en el exe no funciona, crear un txt, pegais el codigo necesario dentro, lo guardais y lo renombrais con extension .bat y ya solo es ejecutarlo.
Y la limitacion de los 10 minutos no es por el programa, es por nintendo. Si convertis un video superior a 10 minutos, cuando lo paseis a la SD no se va a ver en la 3DS....., ni aparece el video.