Tengo que ver si son idénticos como tu dices, pero es posible, ya que la rom lleva como nombre rom
En el caso de SNES van los datos del nombre de la rom que tiene que cargar (supongo)
Como dije un par de veces yo veo la clave en comparar el main.dol del metroid con el 00000001.app del Metroid en formato WAD, Se ven las similitudes y diferencias, con lo que se podría sacar de ahí los datos que cambian (rutas del DVD, etc)