Bueno, ya tengo una ISO de 512MG, ahora ya no me dará tanta pereza seguir haciendo pruebas. Gracias a la utilidad subida por danny.ml que ahora si me ha funcionado correctamente.
El problema básicamente es injectar otra rom que no sea Metroid. Para que podáis investigar todos, mi ISO está basada en los demos del SSBB, pero no parecen archivos genéricos, da la sensación de que es unos archivos para cada ROM, porque les cambia el main.dol, los .pcm, .var..... etc