Claro, la rom la dumpea del cartucho al igual que los SAVES si tiene SRAM interna, de hecho se ve como puedes usar los SAVES y si en el emulador guardas partida tienes que transferirla al cartucho.. vamos que claramente no se usa el cartucho para jugar.
A mi modo de ver:
-La consola tiene un emulador multisistema con los DAT files de las roms de las consolas.
-Al pinchar el cartucho lo dumpea y analiza el header y CRC para compararlo con los DAT.
-Si es corecto, te lo detecta y sale la info del juego. Si no: "Unknown"
-La ROM se guarda en la memoria de la consola y el emulador ejecuta la rom.. el cartucho es mero adorno, podrias quitarlo...
-Si jugando en el emulador, guardas partida. Antes de cambiar de juego tendrias que transferirlo al cartucho
-Los flashcart arrancan desde una zona de memoria donde esta el menu y el OS, para luego flashear la ROM a la EEPROM y redireccionar el bus. Un dumper solo podria ver la zona del OS, no es operativo...