Bueno, lo único que hace emudeck es instalarte automáticamente todos los emuladores , añadir opcionalmente juegos y las las app image a steam al usar el rom manager, y una preconfiguracion inicial de dichos emuladores, asi como perfiles de mando para hotkeys de los mismos, pero entre eso y instalar a mano un emulador no hay diferencia a nivel de control del emulador o opciones, simplemente hacerlo a mano es mas laborioso sin mas ,por lo que en lo personal no le veo ninguna ventaja.
Entre otras cosas rom manager añade si quieres los emuladores en si al modo juego (las app image vaya) y puedes cambiar lo que quieras desde ellos, o desde el escritorio si se prefiere, pero esque la mayoría de emuladores traen incluso atajos ya hechos para cambiar cosas como resolución, aspect ratio etc al vuelo con combos de botones y/o abrir el menu del emulador en si para hacer los cambios que quieras, vamos que no esque estés atado a su config inicial o algo asi en ningún caso, tienes acceso a los emuladores y sus opciones exactamente igual que instalándose a mano.
Ah, y tambien escoges que plataformas se muestran en el modo juego (y aun así solo se muestran si tienes roms metidas), vamos que no esque si o si vayan a a parecer de repente 50 carpetas en el modo juego, solo las que tú escojas, y solo si tienen roms..Yo por ejemplo lo que tengo es un mix, los juegos de Wii, Wii u, 360, switch, ps3 y ps4, como son "pocos" en total, los tengo metidos como juegos de Steam a través de rom manager, mientras que los de plataformas anteriores a esos, como ya hay un volumen importante por cada una, esos los ejecuto desde emulation station, sin tener los agregados como juegos, y evidentemente plataformas de las que no tengo ningún juego metido pues no salen, así que ya digo, emudec ni fuerza a una configuración concreta, ni fuerza a que aparezcan 200.000 juegos o algo así, es solo una instalación automática y una preconfiguración gráfica y de controles, que si te sirve guay, y si no el propio emudeck te da herramientas para cambiarlas.
: en los AppImage si te creas una carpeta que se llame igual que el fichero AppImage pero acabando en ".home" guardará dentro los ficheros de configuración, cache, ... en tu caso sería algo así la carpeta como Cemu-2.6-x86_64.AppImage.home. De esta forma, tu Cemu será TOTALMENTE portable con tu fichero "AppImage" y su carpeta "AppImage.home" 