Es que lo de los formatos es irrelevante, sobre todo cuando kindle acepta mobi, que no sea el estandar epub, pero muchas cosas están mucho mejor implementadas, como los subrayados y anotaciones.
Además, que tienes amazon dentras, con todos sus servicios, su pedazo de servicio técnico en caso de que pase algo y todas las aplicaciones que soportan kindle y no el resto de lectores.