Pues no hace faltan que pruebes más, a menos que desactiven el threaded video o el audio sync con sus respectivas consecuencias, el scroll nunca irá 100% fino. Aunque para mi actualmente se ve casi perfecto, supongo que cada quien tiene la vista más o menos susceptible a estas cosas.
También podrías probar con el core de genesis gx en lugar del Picodrive que viene por defecto, no sé si son impresiones mías, pero me parece que el scroll va mejor con el genesis gx