El lugar más adecuado para preguntar eso sería el subforo de Scene, pero te diré que mientras tengas el canal homebrew actualizado a la última versión, no debería pasarle nada por subir a la 3.4 que incluya el disco.
Yo me encontré en la misma situación cuando me pillé el juego, actualicé la consola a la versión 4.1, y no le pasó nada al canal. Sólo tuve que parchear ciertos sistemas internos para recuperar todas las funcionalidades (está todo en el subforo de Scene). Eso sí, la nueva actualización sí que borraba todo, así que ojo.
Sea como sea, si no quieres arriesgarte, usa el programa GeckoOS, que sirve para lanzar juegos originales de cualquier región saltándose comprobaciones de actualizaciones. Es lo que usé yo en todo momento hasta que me decidí a actualizar, e iba perfecto con los Metroids.
Un saludo.