A mí me ha pasado también eso, y usando WiiScrubber 1.21 ya ha dejado de hacerlo, pero a la vez se me ha planteado otro problema...
Con una modificación de la que sólo tenía el .pac, he pasado por step1_extract, y he visto las texturas ya modificadas. Sin tocar absolutamente nada, he pasado por step2_create y me ha creado, lógicamente, tanto _new.pac como _new.pcs. Paso a WiiScrubber 1.21 (porque usando 1.31 se congelaba), y bien, deja iniciar el combate, pero sigue viéndose el traje alternativo original. ¿A qué puede ser debido? No parece haber ningún error, y ASH no me ha puesto ninguna pega...