@alaun sería bueno que colocarás alguna foto o datos de lo siguiente:
Resolución
Motor gráfico
Procesamiento asíncronico
Reescalado interno
Antialiasing
Gestión de shaders
Firmware montado (si estás utilizando la última versión, aún presenta problemas, en especial en Yuzu)
TDP
Frecuencia de GPU.
Estos datos dan mucho para saber por dónde va el problema, porque de otra forma vamos a dar golpes de ciego.
Sobre que Odin y Steam Deck son procesador, y arquitectura diferentes, la distancia es como se compartan, Odin 2 trae Android que hasta cierto punto es un OS flexible y que no requiere tanta configuración.
Pero en el caso de Deck es Linux y se comporta cómo casi cualquier OS de PC, dónde el usuario tiene que meter mano en las configuraciones, aún cuando gran parte de ello se hace "automático".
Una pregunta que hiciste sobre que emulador es mejor, te diría que los proporcionados en discover o emudeck, también retroarch pero aquí lo tomo con cuidado, porque depende de la plataforma y el juego, me he encontrado con errores que no presentan otros emuladores.
Pero para Switch por soporte Ryujinx y 3DS citra. Ya no hay muchas opciones en emulación para dichas plataformas.