El Zodiac Job System – Existen 12 Tableros de Licencias, cada uno representando un oficio. Sin embargo, una vez que el jugador escoge uno de los oficios, este se quedará con el oficio durante todo el juego. Las licencias aisladas pueden obtenerse al desbloquear espers y sublimaciones.
Trial Mode – El grupo debe combatir durante 100 escenas, cada una habitada por poderosos monstruos. Completando este modo se desbloquea New Game+: Weak Mode.
Invitados Controlables – Los personajes invitados pueden ser controlados, y sus gambits pueden ser editados. Su equipamiento no puede ser removido.
Espers Controlables – Los Espers pueden ser controlados una vez invocados, y sus gambits pueden ser editados. Ahora se puede usar su ataque definitivo cuando el jugador lo desee.
Acelerar – Al presionar L1 la velocidad del juego se incrementa, facilitando los recorridos.
Cambios de Gambits – Se agregaron 16 nuevos gambits. Todos los gambits pueden ser comprados después de visitar los Túneles de Balheim
Cambios en los Objetos – Se han agregado nuevos objetos, y algunos de sus efectos han sido levemente cambiados.
Cambios en los Enemigos – Los enemigos han sufrido un leve cambio, además de que nuevos enemigos han sido agregados. Una batalla contra todos los Jueces de Arcadia también fue incluida.
Cambio en las Magias – Algunas magias fueron renombradas, mientras que otras fueron trasladadas a otras categorías; por ejemplo Bravura y Fe ahora son Magias Blancas. No todas las Magias pueden ser compradas, y algunas sólo aparecen dentro de tesoros.
Cambio en el Equipamiento – Nuevas armas han sido agregadas, como la Excalipoor, mientras que otras armas han sufrido leves cambios, al igual que las Armaduras y Accesorios. Algunas armas tienen diferentes afinidades elementales.
Repertorio de las Tiendas – Algunas tiendas tienen sus existencias cambiadas.
Cambios en las Mist Knack (Sublimaciones) – Las Sublimaciones ya no consumen PM, ya que tienen su propio medidor de niebla.
Cambios en el PM – Dado que las sublimaciones ahora no usan PM, obtener las mismas no incrementa el PM del personaje. En vez, los personajes incrementan su PM simplemente al subir de nivel. La cantidad de PM está determinada por el oficio seleccionado.
New Game+ (Juego Nuevo+) – Dos nuevos modos de New Game+ están disponibles. Strong Mode, donde todos los personajes comienzan en el nivel 90, y Weak Mode, donde todos los personajes comienzan en el nivel 1 y nunca incrementan más niveles.
Reaparición de Tesoros – Los tesoros ahora reaparecen al moverse solo una pantalla.
Cambios en los Tesoros – Algunos objetos dentro de artesones han sido cambiados de lugar, agregados, o removidos.
Abolición del Límite de Daño – Ya no existe el Límite de Daño. Si un personaje provoca más de 9999 de daño, el número aparecerá en pantalla. Contra enemigos muy débiles, es posible provocar sobre 100,000 puntos de daño con solo un ataque.
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