He solucionado lo de los medio Mii:
Pensaba que era por cambiar la SD, pero a la mayoria os pasa sin haberla cambiado, asi que cogi la idea de bieffe y he desactivado el StreetPass de el Correo, Mario Kart y del Resident Evil, dejando activado el de Dead or Alive, Mario Land y Plaza Mii y vuelve a funcionar perfecto, para quitar programas del StreetPass id a configuracion de la consola/gestion de datos/gestion de StreetPass y desactivad todo lo que podais.