No creo que esté mal explicado:
Lo primero es sustituir los archivos xebuild del jrunner por los archivos parchados.
Posteriormente, ya que tienes la cpukey (que sacaste con el xell), introduces tu nand (la que debiste haber leído previamente) y le agregas la cpukey.
Seleccionas glitch2m, creas el xebuild (obviamente te va a crear el xebuild parchado porque ya reemplazaste los archivos) y flasheas.
Así hice yo, y tengo glitch infinito. Yo pregunto: ¿ya lo hiciste?, ¿Qué resultados obtuviste?
P.D. Ese archivo que subiste está en la primera página del post desde hace rato y es el que usé para el xebuild.