Bien...
1º/pues arrancamos el PC (esto parece obvio pero es bueno recordarlo)
2º/Ponemos los subs y el video en el mismo directorio, mismo nombre, pero diferente extension, video MKV y subtitulo SRT.
3º/ejecutamos el MKV2VOB, que es el que no me ha dado ningun problema.
4º/en la pestaña Add elegimos el fichero origen y donde se guardara.
5º/configuramos el programa con esta config...
6º/volvemos a la pestaña Add y pulsamos el boton Add File...
en un minuto o dos tendremos la carpeta creada.
ya solo queda mover la carpeta AVCHD a la raiz del pendrive o el disco duro USB y listo...
podremos activar y desactivar los subs pulsando triangulo para sacar el menu de la PS3 y eligiendo la opcion de los puntos suspensivos.