A ver, ten en cuenta que una vez hecha la transferencia, tu New 3DS se comportara como tu antigua 3DS y todo lo que tuvieras vinculado con la consola, compras, descargas y regalos, ahora estarán vinculados con la New 3DS, lo único es que tendrás que copiar cada una de estas tarjetas o casi todas a una de 32gb que sea micro.
Por otra parte, los datos que estuviesen guardados en la consola, ya pertenezcan a juegos de una u otra de tus tarjetas, etc., se transfieren de una vez.
Supongo que será asi, porque sino vaya engorro. Con lo cómodo que seria que estuviera todo asociado a la cuenta de Nintendo Network y solo tener que copiar los saves.