Básicamente:
Para empezar debes hacer una copia de seguridad de las partidas USA y PAL (se llaman "BESLES-52730DBZ3.npo" la PAL y "BASLUS-20998DBZ3.npo" la USA) por si acaso.
Una vez hecha, abre la partida NTSC y extrae el archivo BASLUS-20998DBZ3 este. Ahora abre la partida PAL y borra el archivo BESLES-52730DBZ3 (apúntate su nombre antes, lo necesitarás).
Ahora te vas a la carpeta donde hayas extraído el BASLUS y lo renombras como BESLES (el nombre entero).
Vuelves al PS2 Save Builder y abres la partida en la cual has borrado el BESLES original, le das al botón derecho en las casillas blancas y le dices "Add file".
Añades el archivo BESLES que has creado (el BASLUS renombrado) y lo grabas (Save as...).
Con el Pukklink subes la partida a la PS2 y a disfrutar.
PD: Esto es para la partida NTSC en el PAL, para que sea al revés, obviamente hay que hacerlo al revés con los nombres, quitar el BASLUS poner el BESLES en su lugar renombrado.
Para cuando salga el japonés, que sepáis que los japoneses tienen el nombre BISLPS (por ejemplo, mi partida del Naruto se llama "BISLPS-25293NARUTO.npo").