Lo de la pupila son simples implantes cibernéticos, ni mas ni menos.
Recordad que después del proyecto Lázaro, Shepard tiene muchas partes electrónicas, que tuvieron que sustituir por los daños irreparables que tenían.
Es una de las cosas que te dice la Doctora en ME2 en uno de los correos. El ser bueno, es beneficioso para el cuerpo ayudándole a cicatrizar mejor, si eres un cabrón, quedas totalmente desfigurado.
Yo soy mas de la opinión de Cujo, Shepard siempre tiene el mismo fin, lo único que cambia con tus decisiones, son los medios por los que lo hace.
Lo que si puede pasar es que Cerberus, o mas bien el hombre Ilusorio, sin estar adoctrinado haya decidido que le conviene mas aliarse con los Segadores que luchar contra ellos. Ya que como dijo Vigil, el exterminio de la Galaxia es un proceso lento, que puede tardar cientos de años y es posible preferir 100 años de seguridad que 10 años de guerra en los que puedes perder.