• Además de los cuatro modos de dificultad presentes en las versiones NTSC-U/C y PAL de Metal Gear Solid (Fácil, Normal, Difícil y Extremo), se ha añadido un modo Muy Fácil. En el modo Muy Fácil, Snake comienza la misión con un arma, el MP5, que ya tiene en su arsenal. La MP5 es funcionalmente idéntica a la FAMAS, pero tiene munición ilimitada y un silenciador ya equipado. Por lo demás, el juego es idéntico cuando se juega en modo Fácil. A diferencia de los otros modos de dificultad, no se otorga ninguna clasificación después de que el jugador complete el juego.
• La prueba de tortura contra Revolver Ocelot es considerablemente más fácil en todos los niveles de dificultad. Mientras que el número de rondas por sucesión aumenta en el NTSC-U/C en cada ajuste de dificultad (es decir, 3 rondas por sesión en Fácil, 4 rondas en Normal, etc.), en Integral siempre duran tres rondas por sesión independientemente de la dificultad. Este cambio se trasladó a Metal Gear Solid: The Twin Snakes.
• Si el jugador tiene datos del Metal Gear Solid original o ya ha superado el juego principal una vez, al iniciar una nueva partida dispondrá de una opción de "ronda alternativa" que altera la colocación de los enemigos y los patrones de patrulla en cada zona. Esto también cambiará los ángulos de cámara de algunas escenas (como cuando Snake usa sus prismáticos para explorar el helipuerto).
• Durante una tercera partida con el mismo archivo de guardado, Snake no solo llevará un esmoquin, sino que Meryl se equipará con su propia versión del traje furtivo. Este cambio también se aplicó a The Twin Snakes.
• Si completas el juego principal una vez en cualquier dificultad, desbloquearás el "Modo Vista 1P" en el submenú Especial. Este modo es igual que el juego principal cuando se juega en Normal, excepto que el jugador puede moverse y disparar mientras está en el modo de vista en primera persona. Pulsando dos veces el botón triángulo, el jugador puede cambiar entre la vista aérea estándar y la movilidad en primera persona. Sin embargo, ciertas partes del juego (como el rappel y la secuencia en jeep) seguirán jugándose desde el punto de vista estándar y el juego volverá inmediatamente a la vista en tercera persona al realizar ciertas acciones.
• Se han añadido dos nuevos números de frecuencia de códec. Si se llama al número de frecuencia 140.66 en determinados lugares (el cañón, la entrada de la torre de comunicaciones y el campo de nieve), el jugador podrá escuchar pistas de música ocultas. Si se llama al 140.07, aparecerán mensajes de varios miembros del equipo de desarrollo del juego. Estos comentarios no tienen voz y sólo aparecen en japonés.