Si hablamos de coleccionismo o nostalgia, no puedo decir nada; pero técnicamente uno de los problemas que le veo a N64 es que fue una de las primeras maquinas 3D, con todo lo que ello implica. Y no es una cuestión de potencia, sino de la obsolescencia de un software que dudo vayan a remakear en una hipotética reedición mini.
En lo que respecta a gráficos y jugabilidad, los juegos de NES o SNES son casi perfectos para su cometido. Salvo el flickering de algunos de los de NES (sobre todo de Konami) el resultado es más que óptimo para lo que son esos juegos; para divertirte y poder seguir divirtiéndote con ellos. Los gráficos 2D tenían una amplia trayectoria, tanto en maquinas domésticas como en arcades. En la trayectoria interna de NES o Megadrive podemos observar como no es un asunto tanto de potencia como sí de optimización y especialización al programar; nada tienen que ver los juegos de primera hornada de NES y Megadrive con los de la última fase. Esa evolución fue posible porque había un recorrido muy largo en lo que se refiere a programar en 2D, con un buen punto de partida en cada consola, y simplemente se perfeccionó todo.
A las limitaciones técnicas propias del formato, como ha comentado
@Calculinho , hay que sumar la falta de especialización y depuración de los programadores al pasar a esa primera gen 3D. Nos podemos encontrar con un uso precario del número de polígonos, texturas, efectos y demás, que hacían que se derrocharan demasiados recursos, se viera tremendamente afectado el framerate, y con ello la jugabilidad. Luego, problemas de control, cámaras que te dejan vendido, el contraste sonoro con respecto a otros apartados.. no se puede decir que todos los juegos de N64 sean como Mario 64, y aún este puede haber envejecido negativamente en algunos aspectos.
A todo se le puede tener cariño o nostalgia, y a todo se puede acostumbrar alguien que crezca con ello, pero creo que era una etapa bastante experimental. Si bien no en todos los géneros (los de carreras ya eran buenos para mi gusto), sí creo que se puede decir que en general hay una destacable diferencia de optimización de los juegos de las 8/16bit con respecto a PSX/SAT/N64; y eso le puede pesar demasiado a una N64 Mini, porque de esas tres consolas N64 fue la que quisieron estrujar e ir mucho más allá de lo que le correspondería, bien sea por necesidad comercial y/o ganas de demostrar su potencia. Por otra parte, también por pertenecer a la primera etapa de un tipo de gráficos plenamente vigentes hoy día y que se presta a odiosas comparaciones, tanto jugables como visuales. A nadie se le va a ocurrir comparar The Witcher 3 con Zelda A Link To The Past, porque son estilos diferentes; pero el Ocarina si se presta a comparación. N64 puede ser a las consolas actuales (o incluso a su siguiente gen, Dreamcast/PS2) lo que es Spectrum o Atari 2600 a NES/SNES; algo demasiado obsoleto, que necesite un buen lavado de cara para ser tolerable hoy, o por lo menos unas mejoras jugables.