Te dire que un software que transforme directo -en tiempo real- un video 3D por anaglifos a un video 3D estereoscopico, pues no conozco ninguno, quiza este por ahi alguno con IA para acelerar el proceso de sintetizar las imagenes separadas a partir de una sola imagen con los trazos de color, aunque no lo hara en tiempo real sino tendra que sintetizar las imagen e ir creando frame por frame de los dos streams de video que se requieren.
Porque transformar un video 3D estereografico a un video 3D por anaglifos es sencillo y casi en tiempo real. Tomar cada fotograma de cada uno de los 2 streams de video para en las partes que difieren ir creando los rellenos de color [azul|rojo o amarillo|verde]] que dan la sensacion de despegarlos del fondo y sacar un solo streams de todo eso pues es relativamente facil, tan asi que ya has visto que hay reproductores que lo hacen. Pero el hacer lo contrario de tomar un solo frame, detectar los objetos de esa imagen, separalos y modificar su angulo de vision para cada streams en base a esos marcos de color que rodean a cada objeto, pues imaginaras que no es una trivialidad y requerira mucho trabajo de computo, tan solo en la parte de detectar y separar del fondo [paredes, vista del horizonte en espacios abiertos, etc.] las imagenes de cada objeto [personas o muebles] para despues en base al analisis de la tonalidad del color rojo|azul o amarillo|verde calcular cual debe ser la distancia que tienen esos objetos entre si y con respecto al fondo, para luego en base a encontrar el como estan repartidos en esa escena y con eso sintetizar los objetos modificados en su angulo de vision en los dos streamas de video para el 3D estereografico, pues seguro entenderas el tiempo de calculo y proceso que se llevaria.