Pues aunque esté preparada para ambas, me parece que en horizontal es más eficiente. El aire caliente sube, y el ventilador, que es de entrada, está arriba. Tiene que hacer mayor esfuerzo para empujar el propio aire caliente que le sube para meter aire fresco.
También me parece que es más fácil que el metal liquido, el cual al calentarse irá adquiriendo densidades ligeramente distintas, se distribuya más uniformemente por el SoC en horizontal, por la propia gravedad.