He probado un poco más el emulador de GBA y tiene algunos problemillas. No se puede salvar partidas, o al menos yo, no lo he conseguido. De la manera "normal" con la opción del juego parece que no las mantiene, y con los savestates se cuelga la vita al cargarlos.
Por cierto, para el que le interese, la manera de borrar los homebrews instalados.
La idea es conectar la vita al PC y abrir el gestor de contenido.
Tocas en Sistema PSVita -> PC
A continuación en Aplicaciones.
Aplicaciones (PSP/otros)
Ahí os saldrán un montón de "Archivo dañado". Esos en teoría son los homebrew, lo que no estoy muy seguro es cual es cual. ME PARECE que están ordenador por orden alfabético, pero habría que ir probando. (Desde luego no están ordenador por el orden en el que aparecen en el VHBL)
EDIT: Están ordenador de manera que el último que instalaste, es el primero.