Viendo que iba a pasar un tiempo hasta que llegara a esa parte, porque aún ando con el 3, he hecho un mini speed run hasta la zona del strut E, jugando en hard, solo la parte de plant, y a mi si me salen las cajas, lo puedo confirmar. No he desactivado antes ninguna otra bomba, me he ido directo al strut E simplemente a ver si había cajas.
Solo me queda decirte que lo vuelvas a probar, o que te vayas a por esas bombas primero, a ver si no te da error. A mi me ha funcionado bien.
EDITO: Me he mirado el enlace que has puesto, y hay gente a la que le afecta, y a otra no. Konami, por su parte, dice que todas las copias son iguales, así que el bug debe aparecer SEGURO por ciertas condiciones que has hecho anteriormente. Es decir, lo que tienes que hacer (hasta que lo parcheen) es jugar de otra manera, rollo irte primero a por esas bombas, o algo así.
Sé que es una mierda pero es lo que hay. Yo, lo dicho, me he ido a ese strut primero y a mi si me iban las cajas.