Esta duda se ha respondido ya mil veces, pero bueno:
Para intercambiar a Kyogre, Groudon o Rayquaza debes hacer que el Pokémon en cuestión olvide cualquier movimiento que no exista antes de ORAS. Es pura lógica. Pulso primigenio, Filo del abismo y Ascenso Draco, respectivamente.
Tenedlo en cuenta, esto es así porque al parecer el juego no tiene en cuenta si el intercambio se realiza entre dos cartuchos de ORAS o si uno de los dos es X/Y, donde no existían esos movimientos, ni muchos otros objetos como las megapiedras nuevas.