Yo no lo veo como que las megaevoluciones de uno o de otro sean mejores o peores, pero si que veo un desequilibrio que habría sido fácil de solucionar, me explico:
Tanto Mewtwo como Charizard ganan/cambian de tipo con su mega en X, y se mantienen igual (o eso parece) en Y. Esto da una estrategia extra en X, ya que puedes tener un equipo sin Pokemon Lucha ni Dragon y en el caso de que necesites uno le metes la piedra. Sólo se puede usar una por combate, pero la elección la tienes ahí.
Eso se podía haber solucionado metiendo uno de cada en cada versión. Además Charizard pierde el tipo Volador en X y lo mantiene (parece) en Y, cuando en Y ya tenemos al legendario principal como Volador.
Repito, no es que sean mejor o peor, pero que lo podían haber equilibrado mejor. Y lo de anunciarlo a una semana de salir el juego no ayuda xD