Segun leí, lo unico que tienes que hacer es intercambiar la charizita en cada edicion, pasar uno de los dos pokemons a la otra, reiniciar, y hacer lo propio con la otra, asi que cada uno tendra las dos charizitas. Ya que dijeron,(aun sin confirmar,creo) que mas adelante se pueden conseguir las piedras de los otros dos. Y esas al no tener version diferente no hace falta resetear.
EDIT: Al poco de jugar, tambien consigues a uno de los otros tres. Charmander, Bulbasaur y Squirtel.