Yo los unicos pokemon que me paso de generacion en generacion son los competitivos, la pokedex solo me suelo hacer la regional, aunque en rojo fuego a diamante si me llegue a pasar casi todos los pokemon, esa edicion ni sirve ya para ganar al alto mando xD, por eso el equipo in-game mas alguno lo suelo dejar en su edicion.
PD: Lo que nunca he entendido eso de no poder pasar pokemon con MO aprendidas, pero si cuando te dan la posibilidad de intercambio ya tienes todas o casi todas las mo (buceo en blanco/negro por ejemplo se obtiene despues de la liga), y los ataques de MO siguen en la siguiente generacion, aunque sea solo para combates, lo que te obliga a jugar esa edicion para quitarle el ataque.
PD2: A ver si dejan de una vez pasar mas de 6 pokemon a la vez para estos casos, que puedas cambiar los que quieras de una vez y se depositen en las cajas (EN mi caso, para blanco y negro habre echo lo del minijuego 4 o 5 vecs para pokemon competitivos y algun legendario, no me quieroo imaginar el que quiera completar la pokedex).