En los juegos (no en el anime ni el manga), se muestra que por lo menos Blaine y Mr. Fuji han tenido alguna relación, por ejemplo en el Rojo Fuego/Verde Hoja están los siguientes diálogos (los pongo en inglés que en español es más complicado encontrarlos):
-Este señala que probablemente el Sr Fuji sea de Isla Canela, lo dice un viejo en el Centro Pokémon de Pueblo Lavanda:
There's a rumor…
I hear that MR. FUJI's not from
these parts originally, either.
-En el gimnasio de Isla Canela, un retrato confirma que tienen algún tipo de relación:
Family and friends?
It's a photo of BLAINE and
MR. FUJI.
They're standing shoulder to
shoulder with big grins.
-El laboratorio de Isla Canela es fundado por el Dr.Fuji, que probablemente sea la misma persona que Sr Fuji:
A photo of the LAB’s founder…
DR. FUJI?!
Una vez establecida la relación del Sr Fuji en Isla Canela, se sospecha que fue él el que escribió las notas de la mansión, en especial la última que es la única escrita en primera persona (sólo en la versión japonesa, en las demás es escrita como 'nosotros'):
Diary: September 1
The Pokémon Mewtwo is far too powerful.
It's no use...
I am unable to control it!
Por último, la relación más directa del Sr Fuji con la creación de Mewtwo es en el evento de Pokémon Esmeralda de la Isla Suprema (Faraway Island), en el que el cartel que viene con algunas palabra incompletas viene a decir lo siguiente:
…ber, 6th day
If any human being sets foot here ever again, let it be a kindhearted person. With that hope, I depart.
Fuji
Hay que destacar que la firma 'Fuji' solo viene en la versión japonesa que pone tal cual: "..JI", de lo que se deduce que es el Sr Fuji quien la escribe.
Y hasta ahí mi investigación! jaja