Anda ya se que archivos dices, mira mete la sd en el pc y ve a sd/nintendo3ds/muchos numeros/muchos numeros/ y crea la carpeta dbs, abrela y crea 2 archivos .txt vacios y renombralos a import.db y title.db
Despues mete la sd en la 3ds y ve a configuracion, gestion de datos, nintendo3ds y programas, te dara un error, dale a borrar y ya lo tienes puesto.
Eso se hace para que la 3ds te cree unos archivos que se necesitan para algo de los cias segun tengo entendido