A ver, aclaremos las cosas:
Tenemos dos modos de visualización de juegos de DS en 3DS, el reescalado:
y el nativo:
En la DS normal sería así en definición:
Lógicamente, en el modo reescalado se va a ver borroso, la resolución es distinta, no hay "magos" dentro de la 3DS que cambien la resolución de los juegos de DS para que se vean definidos a pantalla completa. Es EXACTAMENTE lo mismo que pasaba con PSP y los juegos de PSX, que tenían el modo nativo (verse a 320x240 con un borde negro relativamente grande alrededor pero con una definición perfecta) o verlos en 363x272, aprovechando toda la altura de la pantalla pero perdiendo bastante definición.
Pero ojo, ésto de los bordes negros para verlo en defiición perfecta no es nada nuevo. Los que tengáis juegos de Game Boy Color, probad a ponerlos en una GBA: veréis que tienen una pequeña franja negra arriba y abajo, además de las bandas laterales.
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Imagen de Game Boy Color (160x144) en tamaño original y puesta en el marco de GBA (240x160)
Lo mismo pasa con los juegos de GBA al ponerlos en una DS/DSLite:
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La diferencia ésta vez es que no han centrado las imágenes en las respectivas pantallas, dado que hay juegos de DS que usan ambas pantallas para mostrar una misma imagen, y si centraban las imágenes iban a quedar muy lejanas entre sí.
De hecho, si hubieran mantenido la retrocompatibilidad con Game Boy Color en DS, habríamos visto los juegos tal que así:
Y con la Consola Virtual de 3DS, si queremos verlo perfectamente proporcionado y definido (240 todavía no es el doble de 144 para poder hacer un 2X y no deformar la imagen), seguramente lo podremos ver así:
(dependiendo de qué pantalla se use, claro)
Así que no sólo con el modo DS, sino con la futura Consola Virtual, id haciéndoos a la idea de usar o filtros de suavizado o unos buenos marcos alrededor de la pantalla, porque es lo que hay.