Respecto al lio de antes... seamos realistas. Esa excusa barata de que "yo le pongo chip para usar backups de mis juegos originales" apenas la pone en práctica el 1% de los usuarios de chip (si es que llega a ese porcentaje). ¿Que sois justo vosotros ese 1%? Ah, pues de puta madre, pero vamos, que por lo general no cuela.
Respecto al tema... ya se sabe, Nintendo no puede brickear consolas a propósito porque sería ilegal, pero quien sabe, si le metes una actualización de firm oficial pensada para consolas "vírgenes" a una consola trucada (sea de la manera que sea), nadie te puede asegurar de que vaya a rular todo perfectamente, y por eso lo avisan con ese mensajito.
Edit: antes de que dentro de unas semanas vengan los lloros, los "Nintendo mala", los "No vuelvo a comprar nada de Nintendo", los "Asco de compañía"... Nintendo tiene al igual que Microsoft TODA la cobertura legal para denegar el acceso a servicios online si la consola la tienes trucada.