@helpman77 Ojo! En el tema de salvar partidas tienes que hacerlo con el menú de la propia consola, mediante el botón "I" (menú) de la izquierda, solo se pueden guardar partidas con "save states", el emulador no soporta guardadas de partida dentro de la propia rom.
Sobre la estructura de carpetas y tal, si, hay que ir con cuidado y conservar siempre el nombre de carpetas y estructura que te venían originalmente en la consola.
Una preguntilla, a ti te muestra en el contador de roms para Nes el total de las 857 o solamente te cuenta 1/400 (por decir un número).
Es curioso, pero en Nes solo me calcula hasta una cantidad, la mitad de lo que hay realmente, luego me muestra todas las roms, por supuesto, pero no he conseguido que me haga el cálculo real. Solo me pasa en Nes, no es un problema, pero era por entenderlo... Hice de todo, pero no conseguí corregirlo.
EDITO: Releyendo tu comentario del Wario Land, voy a probarlo, a ver si me pasa igual. Lo mismo será cosa de la rom... Lo miro y te comento.
VUELVO A EDITAR: Comprobado, el Super Mario Land 3 (Wario Land) en GB me funciona correctamente, puedo guardar save-states con el botón de menú de la consola sin problemas. Quizás los estás guardando dentro de la rom, verdad? De esa forma no te guardará nunca ningún juego, tenlo en cuenta.