Lo del FSAA, pues no se vosotros, pero yo llevo la tira de años jugando con juegos con FSAA, y cuando alguno no lo lleva pues lo noto un huevo. Es lo que tiene venir del PC, te acostumbras a lo bueno, y cuando te lo quitan, se nota que no está ahí. Resumiendo:
360:
Gráficos ligeramente superiores (FSAA y 720p vs 630p en las ampliaciones)
Carga muchísimo más rápida en DVD
PS3:
Pad ligeramente superior
Luego depende de otros factores, si tienes el Live Gold pagado, pues normalmente es mejor jugar por Xbox Live que por PSN, si no lo tienes, es mejor la versión de PS3 porque no tienes que pagar para jugar online.
Pero diferencias, haberlas, haylas.