En mi caso tenía el problema con el joycon izquierdo, este se desincronizaba o tenia un input lag horrible, probe cambiando los joycon y tambien, exactamente el mismo problema ¡hasta que se me ocurrio lo siguiente!
Donde tengo el dock de la Switch, estan todas las consolas + pc, un lio de cables y demases, el dock lo movi unos 30 centimetros de distancia que quedara mas lejos del mueble.
Con ese cambio existia el problema pero se presentaba en menor grado, hasta que en un momento que estaba jugando me llega una llamada a mi movil, respondo desde el manos libres y me doy cuenta que el problema se volvio peor aun de lo que era originalmente... me quedo pensando un minuto, corto la llamada y el movil lo dejo a un metros mas lejos de donde yo estaba sentado jugando y voila! problema 100% solucionado, en mi caso las interferencias estaban por tener el movil muy cerca y este con todas las redes activas (4g, WiFi, NFC, Bluetooth).