La última versión de retroarch da problemas en algunos dispositivos. Prueba alguna build más vieja o alguna nightly más reciente que la de la store. Lo raro es que no te deje ni moverte por los menús tocando la pantalla. En la q9 va de cine, y detecta botones y todo por defecto. Igual en esta algo hay diferente, aunque viendo los foros de Retroarch, mucha gente tiene problemas en algunos dispositivos. Tb comenta un usuario en Dingoonity que tiene dos modos de joystick (xbox y ps3), igual cambiándolo a ps3 se soluciona, que es el que se usa en la q9 por ejemplo.
Otra opción es intentar crear un perfil manual y meterlo en la carpeta de autoconfig de Retroarch. Necesitarás alguna app como key test y joystick tests para ver el nombre del driver del joystick y las key y nombre de los botones.