Hola,
Respecto al uso de la partición WBFS o FAT32 te explico mi caso.
Siempre usé partición WBFS desde que seguí el tuto de Softmodii hace un par de años y durante ese tiempo siempre usé uLoader.
Mi hdd tenía 3 particiones: WBFS para el uLoader, FAT32 para emuladores y NTFS con el espacio restante para mi uso en windows.
Hace poco tiempo empecé a trastear con DIOS MIOS, y entonces empecé a usar USB Loader GX y como este loader me gustó mucho, y además permite carga de juegos wii, gamecube.... decidí formatear mi hdd y dejarlo con una partición FAT32 para la wii y la otra NTFS para windows.
Es algo muy personal el usar una u otra partición, yo me cambié por comodidad de tener un solo loader para todo, además, cada vez que conectaba el hdd al portatil, me salía un mensaje de windows para que formateara la partición WBFS al no ser compatible con éste. En realidad con darle a cancelar se soluciona, pero bueno, algún día puede haber una equivocación y formatearla.
Además el límite de los 4gb no es problema, ya que usando el WiiBackupManager se puede configurar el tamaño de los archivos a copiar en una partición FAT32, de tal manera que si el juego ocupa más de 4 gb, el programa particiona el juego en varios fichero del tamaño que se especifique en las opciones para salvar este escollo.
Respecto a los tiempos de carga no he notado gran diferencia, así que la elección entre WBFS y FAT32 es muy personal.
Un saludo a todos.