Yo por lo que he estado investigando y yo mismo probé ayer en un live usb Ubuntu, la ventaja de cómo está montando steam y el tema proton, esque en esencia, el mismo método que usa steam para aplicar protón a los juegos y traducirlos, es el que se puede usar para instalar y ejecutar programas/tiendas/juegos ajenos a steam, de manera que el proceso es siempre el mismo:
1- Descargas el .exe que sea de la tienda o aplicación o lo que sea
2- Lo añades a steam con la opción de add game.
3- Te vas a propiedades del programa/instalador en steam, y entras en COMPATIBILIDAD.
4- Marcas la casilla para forzar que se ejecute a través de proton, seleccionas un proton de la lista e ya.
Se instalará la tienda , aplicación etc que sea, con excepciones pero vaya, que es mas o menos la lógica que sigue la instalación de cosas de windows a través de steam, haciendo uso ya digo del mismo sistema que utiliza steam para traducir los juegos.
Yo lo hice ayer para instalar el rockstar social club en linux y sin problemas.
Y parece que por ahí van los tiros también del tema backups y demás.