En esos casos, en mi opinión, te merece la pena usar el ScummVM nativo de Linux y, si quieres, los archivos del juego de GOG o Steam. Usar Proton con el ScummVM de Windows me parece una pérdida de recursos y quizá problemas. Imagino que ScummVM estará en Flatpak.
Si hablamos de las versiones originales. Si juegas a las Special Edition con los gráficos nuevos, ahí ya son juegos nativos, no ScummVM. Pero, según recuerdo, el modo gráfico original no tenía subtítulos en español, o algo así.