Creo que no es el lugar correcto, puesto que para eso existe un foro que se llama parches y grabación. Aun así te trataré de ayudar siempre que las demás dudas que se te generen de esta explicación las sometas a debate en el foro correspondiente.
Por lo que he leído hablas de generar una imagen con CDRWIN o CLONECD. Y esto no es necesario puesto que la imagen, ya la debes de tener. (La imagen es el archivo que acaba en .bin)
Y esa es la que necesitas tener limpia, esto es, sin ningún parche previo, para poder aplicarle el parche.
Después como bien dices utiliza ppf-o-matic 3 para aplicar el parche.
Por último tuesta con CDRWIN o FIREBURNER o cualquier otro soft que prefieras. Particularmente me gustan esos dos puesto que para grabar ficheros de este tipo, extensión BIN, son los más sencillitos. Casi te lo dan mascadito.
Y ya esta. (No te pases con la velocidad de quemado. Aunque hay gente que tuesta a la velocidad máxima que le permite su grabadora, no es conveniente forzar la lente, por eso no mas de x8 esta más que bien)
Saludos