Marathon transporta a los jugadores a Tau Ceti IV, un misterioso mundo del que han desaparecido sus 30.000 habitantes sin dejar rastro. En la órbita baja de esta antigua colonia flota una gigantesca nave desde la cual se reciben extrañas señales que indican que podría contener misteriosos artefactos, una IA inactiva y otros tesoros. En la piel de corredores, unos mercenarios cibernéticos que han cambiado su cuerpo humano por un armazón biosintético con habilidades y estadísticas únicas, los jugadores se reunirán en grupos de tres y se adentrarán en Tau Ceti IV para enfrentarse a hasta 18 jugadores.
Además de otros corredores, los jugadores deberán hacer frente a las fuerzas de seguridad de Tau Ceti IV y los peligros del entorno. En los entornos, que tendrán sus propios desafíos, hay armas, materiales y equipamiento. Antes del despliegue los jugadores combinarán su equipamiento estratégicamente y elegirán un corredor. "Tu objetivo es simple: entra, recoge todo el botín que puedas y sal con vida", explica el equipo de desarrollo. En caso de morir, los demás podrán hacerse con el botín, mientras que aquellos que consigan tener éxito podrán usar el botín en otros runs a medida que aumentan su poder.
Marathon promete unas armas "dinámicas y reactivas", así como corredores con estilos de juego y combinaciones únicas que "crearán luchas en equipo dinámicas y estratégicas". Bungie asegura que por muy equipado que vaya un personaje un jugador con destreza y competencia estratégica siempre tendrá ventaja. El gameplay también está marcado por el límite de tiempo de cada partida y las decisiones de los jugadores, que por ejemplo tienen la opción de desbloquear mejoras o aumentar la reputación con su facción a cambio de botín.
"Marathon está pensado para jugar en equipo con avisos contextuales, objetivos comunes y el 'tocado pero no hundido', lo que facilita jugar con amigos", explica Bungie. "La muerte no es el final y, cuando de tu equipo solo quedes tú con vida, podrás demostrar que eres capaz de reanimar a tus compañeros y marcharte con el botín. Si crees que tus habilidades bastan para superar cualquier desafío, tendrás la posibilidad de renunciar a tu equipo y conseguir la gloria sin compartirla con otros corredores. No hay dos runs iguales en Marathon". Con eventos dinámicos, un tiempo cambiante y jugadores impredecibles, tendrás que adaptarte sobre la marcha para sobrevivir".
