@kechua Partimos de que los Zelda en general no tienen una historia muy compleja, destacan más por su jugabilidad que por su trama. Dicho esto, hay cierto consenso en que el juego más oscuro es Majora's Mask, lanzado para N64 y con un remake en la 3DS. Si te decidieras por este, te recomendaría encarecidamente jugar a Ocarina of Time antes. No conozco qué tal anda el mundillo de la emulación de 3DS, pero no deberías tener mayores problemas en jugarlos en un emulador de N64 (incluso podrías jugar con el parche de traducción del Ocarina of Time, que originalmente no vino en español).
En cuanto a lo del más completo, si por completo entendemos el que tenga mayor duración, este es sin duda Breath of the Wild. Eso sí, este juego cambia bastante las mecánicas respecto a los anteriores, con lo que a algún jugador de la saga de toda la vida, no le acaba de convencer. En mi caso entre con ciertas reticencias (y más después de la decepción de Skyward Sword), pero después de un par de horas, me enganchó lo suyo. Se puede emular perfectamente en Cemu sin tener que tener un tope de gama, sin embargo, sí que es de los más engorrosos de configurar. Con un i7 4770K y una GTX 1070 lo jugué sin problemas a 30fps (me iba bien a 60fps, pero para evitar algún glitch, me mantuve en la frecuencia original.
Respecto al resto de juegos de la saga en 3D:
- Wind Waker (lanzado en Game Cube). Destaca por su Cell Shading, pero noté un bajón en cuanto a dificultad general y de las mazmorras y me parece un mundo algo vacío. Además en el final del juego tiene una parte bastante tediosa (que parece que arreglaron en la versión de WiiU)
- Twilight Princess (lanzado en Game Cube y Wii). Es una vuelta a Ocarina of Time/Majora's Mask. A mí particularmente me gustó, aunque algún palo se llevó en su momento
- Skyward Sword (lanzado en Wii). Me hizo estar alejado de la saga años. Le dieron mucho peso al control con movimientos del mando de Wii, y aun siendo necesario el add-on para mejorar el mando de serie, el control era bastante poco preciso. A esto hay que sumarle que en su época, ya con las televisiones HD Ready o Full HD, la resolución de salida de la Wii hacía que se viese bastante mal.
Cualquiera de estos tres deberían ser jugables en Dolphin (aunque quizás para el último, sería necesario un mando de Wii).
NOTA: me he centrado en los Zelda 3D, en 2D apenas he jugado. Disfruté bastante el Minish Cap, pero digamos que no entraría en la categoría de más adulto.
Saludos