Perfecto, he utilizado el mkvmerge para añadir los subtitulos en español .srt y quitar los que traia el .mkv por defecto en ingles, porque sino, si añadia el nuevo y dejaba los dos al cambiar de uno a otro, se relentiza el video y se pixela, y es imposible seguir viendo la peli. Por tanto he quitado los viejos desactivando la pestañita del subtitulo en cuestión y he añadido el nuevo. En 202 segundos perfecto.
Por si alguien lo quisiera hacer: Primero abro el archivo .mkv, abro despues exactamente igual el subtitulo .srt y ahora desactivo el subtitulo que traia el .mkv. Pulsamos el boton start muxing y a esperar.
Para katus: por cierto, si el .mkv no trae subtitulos, con poner a los subtitulos .srt que te bajes aparte el mismo nombre del archivo no hace falta integrarlos, automaticamente los lee.
Un saludo.