A ver, lo que tienes que pegar en el flashget no es el enlace que ponen en las páginas, sino que debes clickar en esos enlaces y cuando te sale la página de Megaupload, donde sale el botón para descargar el archivo, pones el cursor encima, botón derecho y eliges "guardar enlace como" en firefox ó "copiar dirección del enlace en Opera" (en el explorer no sé cómo saldrá, porque no uso esa basura, aunque el nombre de la opción debe ser similar).
Automáticamente ese enlace pasa al flashget y ya lo bajas cuando te de la gana, sin limitación de horarios, pero tienes que repetir esa operación con todos los enlaces, no es tan simple como copiar y pegar los enlaces de las webs (ojalá!), el que vale es el que te aparece en la página de megaupload.
Aunque si te va bien con el gestor de Megaupload, pues oye, es otra opción (aunque a mí no me gusta nada)