Pues hombre, yo es que normalmente no he puesto una RL para la gráfica, como es tu caso, junto con un cooler por aire para el procesador y tan grandote como ese Noctua a la vez.
Es posible que si pones el ventilador de la RL metiendo aire hacia el interior, y el cooler de la CPU intentando sacarlo, se cree alguna turbulencia y sea mejor con el ventilador de la RL sacando, o quizás lo mejor es que gires el cooler (si puedes y no te choca con la gráfica ni con la parte superior de la torre y/o los ventiladores de esa zona) para que tire el aire caliente hacia arriba.
Como no es lo normal tener un cooler (y encima tan grandote) y una RL a la vez, o a mi por lo menos no se me ha dado el caso, lo mejor es ir probando, aunque yo lo pondría con la RL detrás con el ventilador metiendo aire hacia el interior, el Noctua cogiendo aire por la parte inferior y tirándolo hacia arriba, aunque puede que choque con la gráfica y/o que coja el calor del backplate de la GPU, no lo sé sin probarlo la verdad, es un caso un poco particular lo tuyo.
Saludos.