Para mi, la mejor forma de jugarlos es como salieron a la luz, porque hacerlo por orden cronológico impide entender los guiños de la propia historia, tal como se cuentan en ella. Cuando yo me los pasé tal cual salieron a la luz me lo flipé bastante, os recomiendo hacerlo tal cual, y ya cuando tengáis preferencias, rejugarlos como salga en gana, incluso recomendaría la novela gráfica del uno para ver de otra forma el MGS1 de PSX.