Partiendo de que la cronologia como dice abarth, es la que kojima diga, ya que es su obra, yo, no estoy de acuerdo con kojima xD.
Portable ops, de echo el final rebelaba no pocos detalles que luego fueron basicos en MGS4:
Ademas de otros aspectos mas fanservice como conocer a Null (gray fox), la relacion de boss con campbell de joven, el concepto de outer heaven sacado de gene..... Vamos, me parece todo bastante bastante relevante, y no hay que olvidar que todo esto era previo a MGS4, y eso a mi me dice que no lo hicieron a ojo con una historia aleatoria, sino que kojima dejo claras las directrices para que luego cuadrase, como cuadró, en el 4, asi que me cuesta creer que ni el mismo no lo considere canonico, otro tema es, que hablamos de un juego portatil exclusivo, que, por otro lado, una vez lanzado el 4, todo lo explicado en PO, ya quedaba claro de nuevo (claro que esto seria aplicable a otras entregas de MGS), pero bueno, lo dicho, yo siempre lo tendré en cuenta, porque me adelantó acontecimientos ocmo hicieron otros MGS canonicos, y bueno....ya desde el punto de vista moral, no me parece bien el feo al equpo de portable ops, mas cuando lueog peace walker bebio del 80% de portable ops xD pero bueno, eso es otro tema.