Ya he comprobado como funciona el tema de las transferencias de las partidas entre la WiiU y la 3DS. En cualquiera de los casos, siempre se transfieren los 3 archivos de guardado al mismo tiempo, no puedes elegir uno por uno.
- De 3DS a WiiU: los datos se borran del MHTU de la 3DS (pero se guarda una copia de seguridad en la aplicación de transferencia y los puedes restaurar en la 3DS cuando quieras, aunque ya estén esos mismos datos en la WiiU) y se transfieren al MHTU de la WiiU.
- De WiiU a 3DS: los datos se mantienen en el MHTU de la WiiU (aunque se quedan "bloqueados", así lo llama el manual, el estado de bloqueado sirve para que cuando vuelvas a transferir desde la 3DS a la WiiU, no sea necesario borrar los datos de la WiiU, simplemente se comparan y si se detectan los mismos personajes, deja hacer la transferencia y se sustituyen los datos bloqueados por los de la 3DS). Los datos pueden desbloquearse si se elige continuar en el menú, de esta manera tendrás la misma partida tanto en la 3DS como en la WiiU.
Es un poco rollo de explicar todo, porque encima luego están el tema de los datos adicionales (mirad el manual al los que les interese, ahí se explica) y la aplicación puede dar mensajes de error relacionados con los datos adicionales, en el manual se explica como solucionar estos errores.
Conclusión: puedes tener tu partida en ambas las consolas al mismo tiempo (no se pierden los datos en la consola de origen) y los archivos de guardado se transfieren de 3 en 3.