Durante la escena final de BigBoss, éste dice:
1.- "Solidus era un clon perfecto, Zero y las IA's fueron a por él, pensando que ese Solidus era yo (BigBoss)."
2.- También comenta que él (BigBoss) fue sometido a tratamientos similares a las B&B y mantuvieron su cuerpo y mente vivos, le inyectaron nanomáquinas, etc. Esto sería cuando el cuerpo lo conservaba aún los Patriots (pensando que era Solidus). Por tanto los Patriots tenían los 2 cuerpos.
3.- También dice que Eva robó su cuerpo y lo reconstruyó. Pero también se sabe que Raiden robó un cuerpo, se lo entregó a Eva, y resultó ser Solidus (que ardió en el Volta). Puede que realmente Raiden robara los 2 cuerpos, uno acabara ardiendo (Solidus) y el otro reconstruido (BigBoss).
Si Eva mandó reconstruir a BigBoss, sus lágrimas al ver arder el cuerpo en el Volta se entiende de una forma: Eva pensaba que BigBoss aún no estaba reconstruido, y que ese que ardía era realmente él. Pero entonces, ¿dónde estaba el verdadero cuerpo de BigBoss?, estaría reconstruido en algún lugar, quizás a cuidados de Naomi (¿cedido por Raiden?). De ahí a que a Ocelot ya no le hiciese falta el cuerpo que ardió... porque ya tenían al verdadero BigBoss, y con él, la posibilidad de desmantelar las IA's.
[mode parania=on]
Lo de ahora es una teoría un poco loca, sin pensarlo mucho, surgida de las incoherencias que al parecer hay:
También comenta BigBoss que cualquier persona puede hacer el papel de otra, bajo ciertas circunstancias... y le dice a Snake "hijo mío, o quizás, hermano"... Tios, Big Boss puede ser Solidus Snake haciendo el papel de BigBoss, LOOOL.
[mode paranoia=off]
Esto me huele a "caso Evangelion",